深圳和廣州各有千秋，但是我更傾向于深圳。
我之所以這么不確定，肯定是有原因的，深圳和廣州各有優勢。
從機構設置來說，廣州占優，但深圳也有機會。
首先，從機構設置來說，央行有兩家管理部：營業管理部（北京）、重慶營業管理部，9家分行（上海、天津、沈陽、南京、濟南、武漢、廣州、成都、西安等），20家中心支行（深圳、大連、寧波、青島、廈門等）。
從現有級別來看，廣州是分行，而深圳只是中心支行，廣州比深圳級別高，要說設置南方總部，那廣州當然是比深圳更符合南方總部的設置。
但是，為什么說深圳也有機會呢？可以參考一下成都和重慶，一個是省會，一個是直轄市，是不是很像深圳和廣州的關系，而重慶市營業管理部，成都是分行，二者關系很微妙，那么深圳升級為管理部，或者直接成為南方總部也不是沒有可能。
從戰略地位來說，深圳更有優勢
央行在上海，可是有著上海總部，那么我們不妨用上海和深圳做個類比，看看從戰略位置上有沒有相似之處。
首先，上海是直轄市，而深圳是經濟特區，不是直轄市勝似直轄市，我們一般認為，直轄市的位置要高于省會的，畢竟直轄市就那么幾個，所以深圳可以比肩上海。
其次，上海是傳統的金融中心，而雖然深圳是改革開放后才崛起的新興城市，但別忘了深圳緊靠的香港，也是全球金融中心。
最后，從金融環境來說，上海有股票交易所，深圳也有股票交易所，深圳對于金融環境的要求，可以一點不比上海差。
所以，綜上我認為，假如設置央行南方總部，深圳更合適一些。