大額存款的外延比較寬泛，對小銀行來說5萬以上也叫大額存款，但對大銀行來說可能20萬以上才叫大額存款，所以要與結構性存款比較是比較困難的。故這里的大額存款應該是指商業銀行發行的大額存單，二者的區別有哪些呢？
概念不同。大額存單是由銀行業金融機構面向非金融機構投資者發行的以人民幣計價的記賬式大額存款憑證。而結構性存款是指商業銀行吸收的嵌入金融衍生品的存款。
性質不同。按照官方解釋，大額存單屬于存款類金融產品，是銀行一般性存款；而結構性存款雖然是存款類金融產品，但不屬于一般性存款。
風險等級不同。大額存單屬于保本保息固定收益類產品，且受存款保險條例保護，50萬之內幾乎零風險；而結構性存款無論保本型還非保本型，收益都是浮動的，且只有投資于存款部分受到存款保險條例保護，掛鉤衍生品部分本金并未納入保險范圍，因此其綜合風險等級高于大額存單。
起存金額不同。大額存單按照監管規定，個人投資者至少20萬起存，機構投資者1000萬起存；結構性存款目前多數銀行是5萬起存。
支取方式和收益計算規則不同。大額存單可以提前支取，且利率靠檔計算。到期支取的，利息以票面利率執行；而結構性存款不能提前支取，到期收益率由銀行投資實際盈虧狀況決定，沒有固定收益率。
投資結構性存款，需要特別注意以下兩點:
1.結構性存款收益波動較大。在2019年1月到期的結構性存款中有708只到期，未達到預期收益率的有143只，未達標率20.2%，且平均收益率只有3.82%，并不像吹噓一樣高。而非結構性理財產品未達標率僅0.05%，且平均收益率達4.38%。
2.結構性存款容易與結構性理財混淆。按照監管要求，發行結構性存款的金融機構必須要有衍生品交易業務資質，但是就目前4000多家金融機構來說，有資質的中資銀行僅有53家，包括5家國有銀行，11家全國性股份制銀行，22家城商行和15家農商行。外資銀行和外國銀行有72家，比中資銀行還多。所以，有時候個別銀行會把結構性理財包裝成結構性存款進行銷售，需要投資者注意區分。