一般情況下，正規的銀行貸款是不會從本金中扣除費用的，如果銀行自己從貸款本金中扣除費用，那就不是合不合理的問題，而是違規的問題。
根據目前相關監管政策以及法律規定，銀行是不能亂收費的。
前幾年，我國銀行業的貸款收費相對比較亂，各種收費名目都有，比如跟貸款有關的評估費，抵押登記費，保險費，融資服務費，財務顧問費等等費用五花八門。這些費用加起來并不少，可能占到貸款額度的3%——5%之間。
貸款100萬，目前貸款利率是4.9%，就算銀行上浮50%，實際的利率也就是7.35％左右，但貸款客戶實際付出的成本可能有10%左右，這里面多出的費用就是被銀行以各種費用名目收取的，這些費用，讓銀行變得更加肥碩，但卻增加了融資客戶的融資成本。
所以最近幾年為了降低中小企業融資成本，遏制銀行不合理的收費行為，監管部門也出臺了不少監管政策對銀行進行規范。
當然除了這個砍頭息，銀行可能會以其他項目向你收費，但如果收費不合理，那也是違規的。
不過目前一些正規的中介機構，在收取服務費的時候都會提前跟客戶簽訂相關的協議，只要你簽訂了這個融資服務協議，那中介收費就是合理的，當然收費太高的除外。
但是如果中介機構沒有簽訂相關的協議，完全就是亂收費或者是在協議之外額外收取一些費用，那就是不合理的。