貨幣基金的投資標的遠不止銀行存款，還包括國債、央行票據、商業票據、政府短期債券、企業債券（信用等級較高）等短期有價證券。

如給貨幣基金資產進行分類，主要可以分為三類，分別是現金資產（銀行存款）、債券資產和其他資產。其中現金資產幾乎占比過半，特別是一些大規模的貨幣基金，或像余額寶新加入的貨幣基金，涌入的資金還未建倉，那么其現金資產占比就較大。

而現金資產占比較大，相應的風險就較小，收益也較低。貨幣基金雖然屬于低風險，但風險仍然有高低之分，也致使其收益有高低之分。一般情況下，現金資產占比較大，風險較小，收益也較低；而債券資產占比較大（特別是企業債），風險較大，收益也較高。

而從風險歸類主要有兩種風險：

一、擠兌風險。

人們集體大額贖回，會直接導致流動性不足，或者說現金資產不足，那么基金就會變賣持有的債券或其他資產。然而貨幣基金采用的計算方法為攤余成本法，每日計提收益，即將投資標的未到期的收益平分攤計提到每一天，且忽略了市場波動風險，如一旦低于原價或收不回該獲得的收益，那么就會導致貨幣基金出現虧損。

比如2006年6月8日，泰達荷銀貨幣基金當日每萬份基金凈收益為-0.2566元，7日年化收益率降至1.6260%，成為年內第一只當日收益出現負值的基金。再如同年6月9日，易方達貨幣基金的每萬份收益為-0.0409元，7日年化收益率為2.2280%。

二、違約風險。

比如出現危機（金融或經濟），導致大量銀行倒閉或企業倒閉，那么銀行存款，或企業的債券就會出現違約，收不回賬，貨幣基金便會出現虧損，甚至被清盤。

比如全球知名的網絡支付公司PayPal在1999年就設立了利用賬戶余額的貨幣基金運行模式，跟如今的余額寶一樣,但自2008年危機后美國貨幣基金收益水平降至0.04%,僅為2007年高峰5%的零頭。PayPal貨幣基金收益率優勢逐步喪失，規模不斷縮水，在2011年7月不得不將該貨幣基金清盤。