1.雖然存款都受存款保險保障制度的保護。但在存款的規范性方面差別比較大。如果都是正規存款，那安全性都一樣。但是農信社因為管理收到上級聯社和銀監會的雙重管理，之間就會有一些監管漏洞。有時候儲戶認為是存款，但農信社有可能就將其變成委托貸款或者其他產品，在到期后有可能出現兌付不了的情況。而農商行主要受銀監會監管，聯社協管，在規范性方面就要好很多。
2.銀保監會對于兩類的監管要求是不一樣的，那自然就會發生經營風險產生很大不同。例如監管要求農信社的資本充足率不得低于8%，而對于農商行的資本充足率不得低于10.5%。從這就可以看出農商行抵抗風險的能力就會強很多，即使出事，自有資本也會更充足一些。
3.股東的結構不同，自然管理模式就很大不同。農信社是由社員入股，實行社員大會，一人一票的合作機構，其實前生是從生產合作社組織演變而來，主要受到當地影響。而農商銀行是經過股份制改造，變更為現代銀行模式的公司制銀行，是董事會和股東會來決定事情的，主要受到銀保監會影響。
4.兩者的服務對象不同，導致發放貸款的數量和范圍會有很大區別。雖然儲戶都去存款，但在農信社范圍內，其實就屬于叫社員存款，發放個人貸款對象也必須是社員，必須是個人社員或者企業社員。而農商銀行就同其他銀行是一樣的，發放貸款客戶可以是農村，也可以是城市，也可以是企業，也可以是個人。