以阿里巴巴最新一次披露的股東數據看，截至2019年6月3日，軟銀股份有限有公司持有67375.84萬股，持股比例為25.9%，為阿里巴巴第一大股東。Altaba Inc.（原外國雅虎，雅虎公司出售核心業務出售給Verizon后改名的新公司）持有24479萬股，持股比例為9.4%，馬云持有16186.14股，持股比例為6.2%，為第三大股東，蔡崇信持有5620.28萬股，持股比例2.2%，為第四大股東。
阿里巴巴在2019年11，發行了部分新股，所以前四大股東的持股比例現在都有所稀釋，但比例變動并不大。日本軟銀依然是阿里巴巴的第一大股東，孫正義通過投資阿里巴巴獲得了巨大的收益。
從不過從股東結構上看，軟件和Altaba都是沒有投票權的，并不參與公司的管理經營與決策，阿里巴巴實施的是合伙人制度，并且與傳統的合伙企業不一樣，阿里巴巴由合伙人提名董事會的大多數董事人選，而非根據股份的多少分配董事席位。這使得阿里巴巴的決策權實際上是掌控在阿里合伙人團隊中的。
阿里巴巴誰是最大贏家？如果僅從金錢上來說，孫正義肯定是最大盈家，投資阿里賺了那么多倍。但換個角度來看，如果沒有軟銀的投資，可能就沒有現在的阿里巴巴，因為當時沒有人愿意、也沒有人敢投資阿里巴巴，這里面存在互為因果的關系。
另外，阿里巴巴改變了中國的購物方式，全面推動了中國電商產業的發展，后來又使得支付寶普及，第三方支付業務快速發展，還讓無數商家通過天貓和淘寶賺錢，為部分人解決了就業，推動了中國經濟的增長，其實每個人都是最大的贏家，都是受益者。當然，那些做實體鋪面的可能并不這么看，他們會認為阿里巴巴導致自己實體生意不好做，那么他們就成為了輸家。