首先來說，判斷合不合法首先要從以下方面去說：

第一、當地最低工資是多少？

第二、2000元是否是超過當地的最低工資

第三、是否達到平均工資？

如果你的工資低于當地的最低工資，比如說北京的最低工資為2200元，那么按照以3386為繳納基數進行繳納個人承擔的五險一金，工資到手少于2000元的，這就是屬于違法行為，因為已經低于最低工資標準。如果是這種情況，可以和用人單位補簽工資調整到高于當地工資標準的勞動協議。實在不行可以進行勞動仲裁。

按照你2000元工資，3200元來繳費，還有一種情況，因為社保的基數為平均工資的60%到300%之間。如果你的工資低于平均工資的60%，那么你就不能按照你的工資基數繳費，只能按照當地的社保繳費下限來繳費了。

所以想要了解清楚公司這樣的繳費方式是否合法，還要從實際情況出發了解。