單位以檢查名義查詢員工銀行流水肯定是不合法的，不僅員工可以拒絕，而且銀行也會拒絕受理，但特殊情況除外。
個人賬戶銀行流水是重要資金交易信息，也是屬于公民隱私信息，因此受到了相關法律法規的保護。在“儲蓄管理條例”中有四大原則，即“存款自愿取款自由存款有息為儲戶保密”；同時，由人民銀行、銀保監會、證監會和保監會2007年聯合發布的“金融機構客戶身份識別和客戶身份資料及交易記錄保存管理辦法”，明確指出金融機構應該采取必要必要管理措施和技術措施，防止泄露客戶身份信息和交易信息。所以，銀行對任何單位以檢查名義查詢員工的銀行流水，都應該拒絕，否則涉嫌違法。
關于他人銀行賬戶的查詢，是有法律專門規定的，比如如果本人涉嫌違法犯罪的，只有司法或執法機關有權查詢。我國法律明確規定，有權查詢機關有11個:公安、檢查、法院、軍隊、監獄、海關、稅務、安全機關、證監會、審計和監察機關。但也不是隨意查詢，而是必須向銀行出示縣一級以上主管部門出具的“銀行存款查詢通知書”，且需要雙人送達并出示相關證件，銀行方可受理。
因此，如果本單位以檢查名義查詢員工銀行流水，顯然銀行不會受理的，也是無法查詢的，最多只能由員工本人打印流水再交給單位，這就另當別論了。作為員工，如果遵章守紀，是完全可以依法主張自己權利，拒絕出示本人銀行流水的。但是，如果是想證明自己在某些問題上的“清白”，也沒有什么可說的。
曾經一度流傳，個別銀行為了所謂內部風險排查，對員工個人賬戶，利用特殊權利查詢或打印員工銀行流水，如果沒有員工的許可，實際上也是違法的，這個“蓋子”只是暫時沒有人去揭開而已。